De stad heeft drie internationale luchthavens: John F. Kennedy International, ook bekend als JFK, Newark Liberty International en LaGuardia. Deze drie vliegvelden verwerkten tezamen in 2005 100 miljoen passagiers.[130] JFK en Newark zijn verbonden met het regionale spoorwegnet. Beide luchthavens verwerken ook de meeste internationale vluchten en de lange binnenlandse vluchten. LaGuardia verwerkt vooral korte binnenlandse vluchten.