Ze is gelegen op de rechteroever van de rivier de Shkumbin. In de 3e en 4e eeuw werd de stad bekend als Hiskampis, en werd ze een belangrijk handelscentrum dicht bij het kruispunt van twee takken van de Via Egnatia tussen Apollonia en Dyrrachium. Hiskampis werd door de Bulgaren en Ostrogoten verwoest tijdens de Slavische invasies van de Balkan.

In 1466 werd er in de stad een militaire basis gevormd door sultan Mehmet II, die de stad onder de naam El Basan oftewel 'het fort' herbouwde. Het fort werd in 1832 door Reshit Pasha ontmanteld.

Elbasan bleef een centrum van de islam in Albanië, zelfs na de Ottomaanse overheersing. Nadat het congres van Manastir (het tegenwoordige Bitola in Macedonië) in 1908 besloot om het Latijnse alfabet te gebruiken voor het geschreven Albanees, hielden islamitische geestelijken, beïnvloed door de Jonge Turken, diverse demonstraties voor het behoud van het Arabische alfabet. De islamitische meerderheid verzette zich ook tegen de aanstelling van prins Wilhelm zu Wied in 1914.

Elbasan is overheerst geweest door diverse volkeren, waaronder de Serviërs, Bulgaren, Oostenrijkers en Italianen.