Nagasaki is vanouds een havenstad. In de baai van Nagasaki lag het kunstmatige eiland Dejima (ook Deshima gespeld), waar aanvankelijk de Portugezen en later de Nederlanders handel dreven met Japan. De shogun zette vanaf 1614 de christenen uit Japan. Omdat de Nederlanders geen andere intenties hadden dan handel drijven en hielpen bij het verjagen van andere christenen mochten zij op Deshima blijven varen. Van 1641 tot 1853 was de Nederlandse handel via Deshima het enige Europese contact met Japan.

Drie dagen na de atoombom op Hiroshima wierpen de Verenigde Staten op 9 augustus 1945 ook op Nagasaki een atoombom, genaamd Fat Man. Het doel van de bom was eigenlijk het verwoesten van de stad Kokura, maar deze stad was bewolkt en daarom ging men over naar het tweede doel, het industriële gebied van Nagasaki. De bom explodeerde 469 meter boven de voorstad Urakami en maakte in totaal bijna 150.000 slachtoffers (74.000 direct omgekomen doden en 75.000 gewonden). Nog jaren later eiste de ioniserende straling die vrijkwam uit de bom nog veel slachtoffers. Na deze tweede atoombom capituleerde Japan. De stad Nagasaki werd na de oorlog weer volledig opgebouwd.

Hotels in Nagasaki: